Indonesia memiliki Undang-Undang No 14 tahun 2001 yang berkaitan dengan Paten termasuk di dalamnya mengatur paten yang berkaitan dengan tanaman, dan Undang-Undang Perlindungan Varietas Tanaman (PVT) yaitu undang-undang No 29 tahun 2000. Undang-undang paten dapat memberikan perlindungan bagi tanaman yang dikembangkan melalui proses rekayasa genetika (Bioteknologi) yang berkaitan dengan “proses” pembentukan tanaman, sedangkan Undang-Undang Perlindungan Varietas Tanaman (PVT) dapat diberikan bagi varietas tanaman baru yang memenuhi persyaratan Baru, Unik, Seragam, Stabil (BUSS). Sebuah varietas dikatakan baru apabila tanaman tersebut belum pernah di perdagangkan di Indonesia, namun jika telah di perdagangkan di Indonesia tidak lebih dari 1 tahun, ataupun di luar negeri untuk tanaman semusim tidak lebih dari 4 tahun, dan untuk tanaman tahunan tidak lebih dari 6 tahun. Unik jika varietas tanaman itu dapat dibedakan dari varietas lainnya yang telah ada, seragam jika sifat-sifat utama atau penting dari varietas tanaman itu seragam meskipun bervariasi akibat dari cara tanam dan lingkungan yang berbeda-beda, stabil jika sifat-sifatnya tidak mengalami perubahan setelah ditanam berulang-ulang.
Dalam UU Paten dijelaskan bahwa pemberian paten bagi tanaman harus memiliki syarat baru, mengandung langkah inventif dan dapat di terapkan di Indrustri. Sedangkan UU perlindungan Varietas tanaman tidak memerlukan syarat-syarat tersebut, cukup dengan syarat Baru, Unik, Seragam, Stabil (BUSS) saja.
Dari sisi perlindungan, Undang-undang paten lebih berkaitan dengan perlindungan “proses”secara bioteknologi atau rekayasa genetika tanamannya, sedangkan UU Perlindungan Varietas Tanaman (PVT) lebih berkaitan dengan “produk jadinya” yaitu varietas tanaman nya itu sendiri yang di peroleh melalui kegiatan pemuliaan tanaman (Plant Breeding).
Berdasarkan proses pengajuannya, paten tanaman dapat diajukan melalui Ditjen Hak Kekayaan Intelektual (HKI) Departemen Hukum dan HAM RI, sedangkan Perlindungan Varietas Tanaman (PVT) diajukan melalui Departemen Pertanian Republik Indonesia. Perbedaan ini terjadi karena permohonan PVT memerlukan pemeriksaan substantif dan uji BUSS yang lebih bersifat teknis.
Undang-Undang Perlindungan Varietas Tanaman (PVT) disahkan pada tanggal 20 Desember tahun 2000, undang-undang ini berfungsi untuk melindungi varietas tanaman yang diajukan di Indonesia. Lahirnya undang-undang tersebut disambut gembira oleh para pemulia tanaman (Plant Breeder) di Indonesia yang sekaligus babak baru bagi perlindungan Hak Kekayaan Intelektual (HKI) (Utomo, S.T, 2006). Semoga saja dengan adanya kedua undang-undang tersebut dapat memacu pengajuan paten dan perlindungan varietas tanaman (PVT) seperti negara-negara lain seperti diantaranya adalah Australia.
Berdasarkan data, pada tahun 1983 paten untuk pertama kalinya diberikan terhadap varietas tanaman di Australia. Sejak saat itu sampai dengan tahun 1987, lebih dari 750 aplikasi diajukan dan 500 diantaranya telah mendapatkan sertifikat paten untuk tanaman (Richard B. Jarvis, 1993 ; 212 dalam Hak Kekayaan Intelektual suatu Pengantar). Sedangkan untuk Perlindungan Varietas Tanaman (PVT) sampai dengan tahun 1992, ada sekitar 1000 aplikasi yang sudah diajukan oleh para pemulia tanaman. (Patricia Loughlan, 1998 : 155).
Berdasarkan data pendaftaran paten “proses” tanaman transgenik pada Dirjen Hak Kekayaan Intelektual (HKI) Departemen Kehakiman dan HAM RI dari tahun 1995 sampai dengan tahun 2001 terdapat 20 permohonan paten tanaman yang berasal luar negeri. (Krisnawati, A, 2004 Perlindungan Hukum Varietas Baru Tanaman dalam Perspektif Hak Paten dan Hak Pemulia).
Melihat pentingnya kedua undang-undang diatas, maka sudah saatnya para pemulia tanaman (Breeder) Indonesia, perusahaan-perusahaan perbenihan di Indonesia, lembaga-lembaga penelitian swasta dan milik pemerintah untuk memacu riset mereka di bidang pertanian. Hal ini penting agar Indonesia mampu menghasilkan banyak paten dan hak perlindungan varietas tanaman (PVT) baru di bidang tanaman, serta menghasilkan varietas-varietas baru tanaman yang akan mendukung kedaulatan dan ketahanan pangan Indonesia. Lebih jauh lagi kita bisa menghasilkan varietas-varietas baru di bidang Hortikultura yang dapat kita ekspor keluar negeri, sehingga bisa menghasilkan banyak devisa bagi Indonesia.
